Экспедиционные работы ГОИН в 2009г. выполнялись за счет грантов РФФИ, договоров с хозяйствующими субъектами и международных проектов. На всех морях, за исключением Каспийского, работы выполнялись на побережье или в прибрежной зоне с использованием маломерных судов. На Каспийском море использовались экспедиционные суда.